Lystoftegård var i mange år sammenbygget med Vandværksgård. Begge gårde var gamle slægtsgårde, der gennem flere generationer hver for sig havde været i den samme families eje.

Da Peder Jensen, der overtog Lystoftegård efter sin far i 1874, døde ugift, blev der i 1898 læst arveudlægsskøde fra hans arvinger til broderen Anders Peter Jensen. A.P. Jensen havde tidligere haft købmandsforretning i den ene ende af den gamle kro i Ballerup, men da kroen brændte i 1888, flyttede han med sin familie til København, hvor han slog sig ned som melhandler på Hauser Plads.

A.P. Jensen var i 1883 blevet gift med Larsine Frederikke Andersen, der var datter af Anders Larsen, som ejede Ålegård. Ægteparret fik syv børn, fem piger og to drenge. Da A.P. Jensen døde i 1911, var der imidlertid ingen af børnene, der kunne overtage Lystoftegård. Derfor kom Lystoftegård, der havde været i slægtens eje i 171 år, på fremmede hænder. A.P. Jensen og hans kone blev begravet på den gamle kirkegård i Ballerup, hvor familiegravstedet stadig findes.

Under 1. verdenskrig købte proprietær Gammeltoft Lystoftegård og Vandværksgård, og de to gårde blev lagt sammen. I 1921 overtog handelsgartner Oluf Kristensen de sammenlagte gårde. Oluf Kristensen, der drev et gartneri på Amager, var bror til Johannes Kristensen på Lillevangsgård.

Gårdene blev fra 1924 drevet af bestyrer Anton Ole Marius Jensen – Vandværksgården som almindeligt landbrug, Lystoftegård dels som landbrug, dels som gartneri, hvor der bl.a. blev dyrket konservesærter.

Af bogen »Større danske landbrug«, der blev udgivet i 1930, fremgår det, at de to stuehuse begge var af bindingsværk. I det ene boede bestyreren og i det andet fodermesteren. De ældste staldlænger var meget gamle, men gården havde forholdsvis ny kostald, lade og stakhjelm. Kvægbesætningen, der var af rød dansk malkerace, bestod af 40 malkekøer og 20 ungkreaturer. Mælken blev solgt til København. Der blev som regel holdt 10 arbejdsheste.

I 1930 blev der bygget en ny, moderne svinestald med plads til 200 svin, og gårdene kunne nu levere ca. 350 slagterisvin om året. Stalden, der var af træ, var fremstillet på svinestaldsfabrikken »Galten«. I 1934 udvidede Oluf Kristensen gården med en ny hestestald.

I 1938 solgte Oluf Kristensen Lystoftegård og Vandværksgården til Københavns Kommune, og Marius Jensen forpagtede dem, indtil han døde i 1947. Året efter brændte alle de stråtækte bygninger.

I 1950 fik Kommunehospitalet tilladelse til at oprette et internat for hunde på Lystoftegård. Hundene skulle anvendes til forsøg på hospitalets patologiske institut.

I begyndelsen af 1950’erne lejede Statens Ukrudtsforsøg gården af Københavns Kommune. Det nuværende beboelseshus blev opført, og ladebygningen og staldbygningen blev ombygget til laboratorium. I 1961 blev der opført et drivhus i forbindelse med den tidligere lade og et væksthus i forbindelse med den tidligere stald. I 1965 gav Sundhedsstyrelsen tilladelse til, at Statens Ukrudtsforsøg indkøbte radioaktive stoffer, der dels skulle benyttes til vækstforsøg, dels til undersøgelser af optagelse og deponering i ferskvandsfisk. Vækstforsøgene foregik udendørs i et indhegnet område og i væksthus, mens undersøgelserne med ferskvandsfiskene foregik i væksthus som akvarieforsøg.

I 1977 overtog Ballerup Kommune Lystoftegård. Kommunen havde planer om at ombygge gårdens udlænger til kulturelle formål. Den tidligere ladebygning skulle både kunne bruges til forsamlingshus og minibiograf. Planerne var langt fremme, men blev aldrig realiserede. Nærmere undersøgelser viste, at det ville være forbundet med for store udgifter at sikre de gamle landbrugsbygninger, så de kunne rumme mange mennesker.

Da der opstod brand i udlængerne, besluttede kommunen at rive dem ned, hvilket skete i efteråret 1978. I stedet indrettede kommunen i 1984 et forsamlingslokale i beboelseshuset, og Socialdemokratisk Vælgerforening i Skovlunde fik stillet huset til rådighed.

Den japanske danser Kikou Ichikawa fik i 1988 ideen til at skænke Ballerup Kommune 200 træer fra den japanske kirsebærfond »Sakura Fonden«. I 1991 var de små kirsebærtræer vokset så store, at de kunne blive plantet ud i parkområdet mellem Lystoftegård og gadekæret.